Michael Clayton é o homem a quem todos recorrem num dos maiores escritórios de advogados de Nova Iorque. Quando são precisos métodos pouco ortodoxos para tratar de um processo. Sob a alçada do co-fundador da firma, Marty Bach, Clayton faz o trabalho sujo e limpa os podres dos clientes da firma. Mas desta vez há um caso que ele talvez não seja capaz de resolver. A KBL está a gerir um processo multimilionário de uma empresa de agroquímica, a U/North, que parece encaminhar-se para um brilhante desfecho do qual depende o posto da consultora legal Karen Crowder. Mas o advogado de topo da KBL, Arthur Edens, tem um aparente esgotamento e começa a deitar tudo a perder, sabotando provas. Clayton é enviado para gerir o processo, mas quanto mais tenta resolver as coisas, tudo se vira contra ele, colocando em risco a sua própria vida.